Ang pangalawang pinakapopular at madalas na ginagamit na kulturang starter pagkatapos ng mesophilic na uri ay thermophilic bacteria. Mayroon silang isang bilang ng mga tampok ng paggamit at mga pamamaraan ng paggawa.
Hindi tulad ng mas karaniwang mesophilic ferment, na idinagdag sa gatas na pinainit sa 25-30 degree Celsius, ang "thermophilic" ay "tiisin" 30-40 degrees at marami pa. Ang hindi gaanong pagkamaramdamin sa mga kondisyon ng temperatura ay gumagawa ng huli na uri ng sangkap ng keso na lubhang kailangan sa paggawa ng mga tinatawag na mga keso ng katas, napakapopular sa Italya, pati na rin ang mga uri ng reheating. Kabilang dito ang mga iba't-ibang "Mozzarella", "Provolone", "Romano" at iba't ibang mga lahi na ayon sa kaugalian na ginawa sa Switzerland.
Ang pangunahing pinagpipilitan ng bakterya na ginamit sa paghahanda ng mga thermophilic starter ay Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii ssp.bulbaricus at Lactobacillus helveticus. Nakaligtas sila at nakikipag-ugnay nang maayos sa gatas sa temperatura hanggang sa 65 degree Celsius. Sa isang mas mababang temperatura, ang paghahalo ng mga thermophilic starter na kultura sa mga mesaphilic ay hindi naibukod.
Kung nais mong gumawa ng isang simpleng lutong bahay na keso o isang semi-hard na bersyon nito tulad ng "Gouda", kung gayon ay hindi mo na kailangan ng mga kulturang thermophilic starter. Totoo rin ito para sa mga barayti na may iba't ibang uri ng amag - puti, asul, berde o pula-kahel. Sa kasong ito, kakailanganin mo lamang bumili ng isang regular na kulturang mesophilic starter.
